Entre 1918 y 1950, en la Costanera Sur, donde hoy en día está la reserva, funcionaba un balneario donde iban los habitantes de Buenos Aires para combatir el agobiante verano porteño sobre las orillas del Río de la Plata. Pero a medida que las aguas se fueron contaminando la gente perdió este aliciente.
El sector donde hoy está emplazada la reserva fue invadida paulatinamente por diferentes especies vegetales y animales en un marco de abandono y desidia. Recién en 1985, cuando distintas asociaciones ambientalistas hicieron un reclamo formal al Gobierno y se creó la Reserva Ecológica Costanera Sur con una extensión de 350 hectáreas. 
Comenzaron entonces los trabajos de mantenimiento del hábitat para proteger la flora y fauna autóctonas hasta alcanzar en la actualidad alrededor de 575 especies de plantas, 307 especies de aves, 644 especies de artrópodos y 28 especies de reptiles.
Durante la última década se fomentó el turismo en el lugar y pasaron por la Reserva miles de visitantes. Ivan Weiss, extranjero residente en Puerto Madero valora esta iniciativa: “Yo cuando visito la ciudad decido quedarme en Puerto Madero, una de las razones es la posibilidad que tiene uno de un gran espacio verde en el medio de la ciudad”.
La actividad que realiza la Reserva es muy importante, no solo en su aspecto recreativo, sino también en el cuidado del medio ambiente. Es que, según los registros que maneja el Gobierno de la ciudad, hay casi 2000 especies entre animales, plantas, hongos y organismos unicelulares en Costanera Sur.
Reserva turística
Desde la apertura al turismo,la venta de los comercios cercanos aumentó en gran medida, incluso se abrieron nuevos puestos de venta de comida ambulante en las zonas aledañas a la Reserva. Actualmente, utilizan la Reserva miles de personas para realizar actividad física, comer, disfrutar del aire libre o simplemente para conectarse con la naturaleza y alejarse del fragor urbano.
No todo fue un camino de rosas a lo largo de estos años, alguna vez las autoridades intentaron aprovechar este espacio para realizar eventos al aire libre como recitales o presentaciones, lo que generó contaminación hasta que finalmente se suspendió todo tipo de actividad ajena a la ecología del espacio.
Además de reserva, el lugar cumple un rol fundamental como sitio de capacitación y de difusión desarrollado por personal del Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires junto a organizaciones no gubernamentales como Amigos de la Tierra, la Asociación Aves Argentinas, la Fundación Vida Silvestre Argentina y la Asociación Proteger.
